萨迦派的传统与昆氏（Khon）祖派息息相关，派系来自神仙。派系从昆贡却杰布（Khong Könchok Gyelpo，1034-1102），萨迦派的始祖，完整的保留直到今时。
从教义的角度来看，其传统追溯到起源于印度的瑜伽士毘儒巴（Virupa）直到嘎雅达拉（Gayadhara）。他的弟子Drogmi Shakya Yeshe (992-1074) 前往印度，在那里和许多印度大师接受了时轮金刚的教导，”道果”，和其他的教导，然后回到西藏。
之后，昆贡却杰布，作为他的其中一个主要弟子，在西藏中部的后藏（Tsang）省建立了一个寺院，並取名为“萨迦寺”，意为”灰地”寺院。因此，此教派从寺院的地理位置取名叫“萨迦”。
昆贡却杰布之子，Sachen Kunga Nyingpo (1092-1158)是一个身手不凡和灵修的大成就者，也是持有Arya Nagarjuna和毘儒巴所有密宗和经藏的传人。他有四个儿子，分别是衮嘎巴(Kungabar)，索南策摸(Sonam Tsemo)，至尊达巴蒋采(Jetsun Dakpa Gyeltsen)和巴千仁波切(Palchen Rinpoche)。
