藏传宁玛派可追溯到自公元817年印度巴特玛萨木巴瓦大师（Guru Padmasambhava），应藏王赤松德赞（742-797）迎请入藏收服藏地凶神邪崇，并在西藏传法。
巴特玛萨木巴瓦大师或更多人称之为莲花生大士（Guru Rinpochey），以密宗法术收服藏地凶神，把它们一一降伏，使之立誓拥佛法。
莲花生大士与堪布菩提萨埵（寂护大师，Shantarakshita）一起建立了桑耶寺（Samyey Monostery），并成为当时主要的为禅修、传法和翻译佛教经典的重要场所。
莲师也给予无上密广泛的教导，特别是得到他真传的二十五位主要弟子。这些西藏的首要大师有着闻名的灵修成就，例如南开宁波（Namkhe Nyingpo）在光束上行驶、依喜措嘉（Khandro Yeshe Tsogyal）能令死者复活、毗卢遮那（Vairochana）的直觉、那南耶喜（Nanam Yeshe）飙升于空中、加瓦贝雪（Kawa Peltseg）的读心术、还有加纳古玛拉（Jnana Kumara）变化显神通的神奇力量。
除了莲花生大士，当代印度大师无垢友尊者（Vimalamitra）、佛密（Buddhagahyu）、香帝巴（Sahntipa）及密续大师法称也受邀到西藏弘扬佛法。
虽然在佛教哲学和逻辑学方面的研究还不普及，当地人却比较倾向于秘密地进行密续的修行。即便是由毗卢遮那、加纳古玛拉、那南耶喜和其他人翻译的《遍作王》（Kun-byed rg yal-po）、（ mDo-dongs-‘dus）及《摩诃摩耶经》等深奥的经文也是秘密地进行。
由于弟子还不成熟以接受密法，以及未是时机来透露其它的法教，莲花生大师隐藏了上百的经文，图像和仪轨文伏藏品，和开启它们的精确指示，一边造福后众生的利益。随后，有上百的大师开启伏藏品，并传授于他们的弟子。
宁玛派教义跟西藏其他流派的区别在于，除了密宗法教，它还综合了伏藏传承，和由极喜金刚（Garab Doyjer）、西日桑哈（Shri Simha）、 莲师、 迦纳思扎（Jnana Sutra）、 布玛莫扎／无垢友（Vimala Mitra）教导并传播的大圆满（Dzogchen）教义。
宁玛派的教法全部包括在九乘三部里：
- 显教三乘，由分为声闻、独闻、菩萨三乘，包涵了佛陀释迦牟尼教导的佛经。
- 外密三乘，包括制耶/事部（Kriya Tantra）—重视着正确的外部行为，身言的行为，针对净化和简单的观想修行；邬巴/行部（Upa Tantra）—重视着内部和外部官能，针对达成与本尊有更深一层的联系；还有瑜伽部（Yoga Tantra）—主要针对发展金刚萨埵所教导的内在心理活力的实力。
- 最后，内密三乘，包括大瑜伽（Mahayoga）—主要注重生起次第修行， 实际修法上观想自身是佛，破除凡庸卑下的思想；无比瑜伽（Annuyoga）—重视圆满次第修行，用金刚身作为可延续性的实现本初意识；还有无上瑜伽（Atiyoga）—犹如普贤王如来所教导的，其重视充分活化生起和圆满次第的修行，使瑜伽士超越所有一般的时间，活动和经验。
九乘里的前六乘是藏传所有派系的共同点。最后三乘，内密三乘，为宁玛派传统所专属。
佛教最蓬勃的复兴时期发生在西藏西部。随着天喇嘛益西沃（Lha Lama Yeshe O），按照早期宗教国王的方法派遣有智慧的藏族青年到克什米尔及当代佛教中心的蓬勃而发展起来。伟大的翻译家仁钦桑波（Rinchen Zangpo，958-1055）和他的同僚楞派谢拉（Lengpai Sherab）成功返回西藏，通过翻译、教授和建立寺院弘扬佛法。
天喇嘛益西沃的毅力和牺牲也创造了邀请伟大的印度大师阿底峡到西藏的机缘。阿底峡尊者复兴教义，并消除了对佛教的许多误解。他创作了著名的的文本《菩提道灯论》，并设立了所有藏传传统《菩提道次第》的文本模式。
在阿底峡的众多弟子中，最著名的是敦仲巴（Drom Tonpa）。他在之后综合了阿底峡尊者的法教，并创立了噶当派传统。在这期间，西藏与印度佛教传统恢复了联系；并在不同大师的影响下，开展了多元的法教传承。
三个主要新大派系萨迦派、噶举派和格鲁派逐步地兴起。宁玛派被鉴定为由莲花生大师进入西藏时引进的佛教形式。上述都是延续到今天的藏传佛教四大派系。
由于各传承对大圆满略有不同的呈现方式，因而开发出三子传承：心部（Semd－sde）—来自西日桑哈（Shrismha）和毗卢遮那（Vairochana）的传承 ；界部（kLong-sde）来自隆德金刚桥（Longde Dorje Zampa）、西日桑哈（Shrismha）和毗卢遮那（Vairochana）的传承；而要门诀部（Man-ngag-sde）则是直接与莲花生大师心髓（sNying-thig）传承的法教和修炼有关。
虽然大圆满是宁玛派独有的修炼，即使在一般念诵莲师祷文的信徒中，把阴历每月10日和25日视为盛宴供奉天和个人或群众闭关三年三月，则是常见的情况。
根据根据密续的起源历史，其中课分为三个传承：诸佛心意传承，集从本初佛普贤王如来的法身法教。相传普贤王如来向一群由法身化身的觉悟者教导密续。有鉴于此，这类法教被视为非一般人能力可及的境界。
持明象征传（The Lineage of the Knowledge）则源自金刚萨埵和金刚手的报身法教，其人类传承始于极喜金刚（Garab Dorje）。从极喜金刚传承传递到妙吉祥友（Manjushrimitra Shrisimha），然后传给在西藏的传教的莲师，迦纳思扎布玛莫扎／无垢友（Jnanasutra Vimalamitra）和毗卢遮那（Vairochana）。
最后，人间口耳传承相当于五方佛的化身法教。此传承传递至妙吉祥友（Shrisimha），由他传至莲师，再由莲师传至无垢友（Vimalamitra），并让整个传承在西藏萌芽和持续至今。
这最后的承传最普遍流传于一般人之中；然而，前两个承传则可能仍然由高觉悟的大圆满大师所延续。
还有一个传统列举了六个密续的起源传承的同时，还加入了教授授记传 (bK’a-babs lung-bstan-gyi-brgyud-pa)、修持加持传 (Las-‘phro) 和发愿灌顶传 (sMon-lam gtad-rgya’ibgyud-pa)。
宁玛派密宗的经典和它的传输可归纳成三类：口传传承、伏藏传承和甚深净相传承。每类又可细分为二类：口传主要包括密续和大瑜伽密续的相关法教；无比瑜伽密续的相关法教，还有无上瑜伽和大圆满密续的相关法教。
伏藏传承包括了一切莲师在第九世纪所珍藏，之后由伏藏师们开启的无数伏藏品，还有由宁玛大师们在禅定或正观中取出的法教。
已有上百的大师开启伏藏品。当中，娘瑞尼玛欧瑟（Nyanral Nyima Ozer，1124-92)、古魯秋旺（Guru Chowang，1212-70）、多杰宁巴（Dorje Lingpa，1346-1405)、巴玛宁巴（Padma Lingpa ，b.1405）和蒋扬钦哲 （Jamyang Khyentse，1820-1892）是宁玛巴五大伏藏师。他们开启的伏藏品有观自在相关的法教和禅定、莲师的仪轨、大圆满法教，Ka-gyey的法教，普巴金刚（Vajrakila / Phurba）的法教，医学和预言。
因此，除了标准大乘佛教经典甘珠尔（Kangyur意为〈教说翻译〉）及丹珠尔（Tangyur意为〈论述翻译〉），许多法教也能在由伏藏拉特纳林巴（Terton Ratna Lingpa，1403至1473年）编译 ，和由昆炎洛辰兰赞巴（Kunkhyen Longchen Ramjampa ，1308至1363）编辑的《宁玛密续集》（Collection of a Hundred Thousand Nyingma Tantras）中找到。
除此以外，众多作品，如由公珠云丹嘉措（Kongtrul Yinten Gyatso，1813-1899） 的六十卷《大宝伏藏》（Rinchen Terdzod），以及榮素（Rongzom）、多竹千（Dodrupchen）、巴楚（Paltrul）、 米龐庞（Mipham）和其他大师的文章也被纳入了宁玛丰富的经藏馆里。
最古老的宁玛院校是由藏王赤松德赞（King Trisong Deutsan）赞助，寂护大师（Shantarakshita）和莲花生大师于公元810年完成的桑耶寺。之后，都没有大寺院的兴建，直到12世纪，才出现卓巴赞竹巴登（Chokpa Jangchub Palden）于西藏中部兴建的乃琼寺（Nechung Monastery），1159年噶当巴德西（Ka Dampa Desheg，1112-92）于康区（Kham）兴建的嘎拖寺（Kathok Monastery）。这显示，不像其他的佛教传统，宁玛派直到他们的开创史很久之后才制度化他们的传统。
从15世纪起，就开始建造伟大寺院大学，如由仁增德达宁巴（Rigzin Terdag Lingpa）或明林德千（Minling Terchen Gyurmed Dorje，1646-1714）成立于1676年的敏珠林寺（Mindroling）；和由仁增阿格旺波（Rigzin Ngagi Wangpo）于西藏中部在1659年成立的多杰扎寺（Dorje Drag）；和由仁增昆增谢拉（Rigzin Kunzang Sherab）于1665年成立的白玉寺（Palyul），佐钦贝玛仁增（Dzogchen Pema Rigzin）在康区（Kham）1685年兴建的佐欽寺（Dzogchen）；以及1735年兴建的雪谦冉赞巴寺（Zhechen Rabjampa）。多智钦寺（Dorupchen）和达塘寺（Darthang）则在安多（Amdo）成立。
资料来源：Historical Introduction to the Five Principal Spiritual Traditions of Tibet
